# Присоединяйтесь к нам в EIT
В Институте технологий Эллисона (EIT) наша миссия — преобразовывать научные открытия в реальное воздействие на мир. Мы объединяем дальновидных учёных, технологов, инженеров, исследователей, педагогов и новаторов, чтобы решать величайшие вызовы человечества в четырёх трансформационных областях:
•Здоровье, медицинская наука и генеративная биология
•Продовольственная безопасность и устойчивое сельское хозяйство
•Изменение климата и управление CO₂
•Искусственный интеллект и робототехника
Это амбициозная работа — работа, требующая любознательности, смелости и неустанного стремления изменить мир к лучшему. В EIT вы станете частью сообщества, основанного на превосходстве, инновациях, упорстве, доверии и сотрудничестве, где смелые идеи превращаются в реальные прорывы. Вместе мы расширяем границы, принимаем сложность и создаём решения, позволяющие масштабировать идеи от лаборатории до общества. Узнайте больше на www.eit.org.
Добро пожаловать в Проект Патогенов
В рамках этой экосистемы Программа Патогенов является примером приверженности EIT трансформационной науке. Она стремится революционизировать диагностику и лечение инфекционных заболеваний, используя инструменты метагеномного и патоген-специфического анализа на основе полного геномного секвенирования (WGS). Эта инициатива создаёт глобальную систему метагеномики патогенов «Всегда Включена», предназначенную для улучшения диагностики, предоставления ранних предупреждений об эпидемиях и руководства лечением через профилирование антимикробной резистентности. Благодаря масштабируемости и безопасности облачных вычислений Oracle Inc., Миссия Патогенов продвигается к сертифицированным диагностическим продуктам для внедрения в лабораториях, больницах и организациях общественного здравоохранения по всему миру.
Роль
В EIT мы ищем опытного и внимательного к деталям биоинформатика, который будет работать плечом к плечу с ведущими учёными для анализа, валидации и улучшения биоинформатических рабочих процессов, превращающих сырые данные секвенирования в практические выводы. Эта роль идеально подходит для человека, находящегося в начале своей карьеры, который стремится развивать навыки в области геномики инфекционных заболеваний, анализа микробных последовательностей и воспроизводимой вычислительной биологии, одновременно видя, как его работа способствует созданию продуктов с реальным клиническим воздействием.
Роль будет включать работу с различными наборами данных следующего поколения секвенирования, включая патоген-специфические и метагеномные данные. Вы будете тесно сотрудничать с учёными лаборатории, применяя аналитические подходы, такие как микробный профилинг, таксономическая классификация и анализ антимикробной резистентности к экспериментальным данным, а также интерпретировать результаты. Мы особенно заинтересованы в кандидатах с практическим опытом метагеномных методов, желающих углубить эту экспертизу в трансляционной исследовательской среде.
Основные обязанности
•Разрабатывать, применять и улучшать воспроизводимые биоинформатические рабочие процессы для анализа данных полного геномного и метагеномного секвенирования, включая контроль качества, сборку, таксономическую классификацию, прогнозирование антимикробной резистентности, анализ вариантов и характеристику штаммов.
•Поддерживать интерпретацию сложных наборов данных секвенирования, оценивая пригодность аналитических подходов и учитывая такие факторы, как загрязнение, смешанные организмы, фон хозяина, низкая микробная биомасса и неоднозначные таксономические назначения.
•Использовать скрипты и хорошие практики программирования для разработки чётких, надёжных и воспроизводимых биоинформатических решений, активно поддерживать коллег, делясь опытом, проверяя код и участвуя в совместном решении проблем.
•Следить за новейшими достижениями в области геномики инфекционных заболеваний, метагеномного анализа, аналитики антимикробной резистентности и микробной биоинформатики, предлагая постепенные улучшения существующих рабочих процессов.
•Работать в совместной, инклюзивной и высокоэффективной команде, делясь знаниями, поддерживая коллег и способствуя постоянному совершенствованию.
Требования
Необходимые знания, навыки и опыт:
•Экспертиза уровня доктора наук (PhD или эквивалент) в области биоинформатики, вычислительной биологии, микробиологии, генетической эпидемиологии, геномики или смежной области, в сочетании с практическим опытом в биоинформатике или вычислительной биологии.
•Практический опыт анализа данных секвенирования следующего поколения, желательно в области метагеномики, микробной геномики, инфекционных заболеваний или смежных областях.
•Понимание принципов метагеномного анализа и связанных с ним сложностей интерпретации данных секвенирования из сложных микробных сообществ, таких как различение сосуществующих организмов, загрязнение, сигнал фона хозяина, ограничения референсных баз данных, таксономическое разрешение и ложноположительные результаты.
•Сильные навыки программирования на Python и Bash, опыт разработки воспроизводимых биоинформатических скриптов, пайплайнов и рабочих процессов анализа данных; знание R приветствуется.
•Опыт работы с системами управления рабочими процессами (например, Nextflow) и контейнерными технологиями (например, Docker), понимание их роли в разработке воспроизводимых биоинформатических рабочих процессов.
•Чёткий коммуникатор, любознательный ученик и ориентированный на команду решатель проблем.
Желательные знания, навыки и опыт:
•Опыт работы в диагностике инфекционных заболеваний с использованием таких методов, как клиническая метагеномика или таргетное секвенирование.
•Опыт работы с облачными вычислительными платформами (например, OCI, AWS или GCP) и/или высокопроизводительными вычислительными средами (например, Slurm) для запуска и управления биоинформатическими анализами.
•Опыт использования систем контроля версий (например, Git) для разработки, поддержки и совместного использования воспроизводимого биоинформатического кода и рабочих процессов в команде.
•Знакомство с технологиями короткого и длинного чтения секвенирования (например, Illumina и Oxford Nanopore Technologies) и понимание их соответствующих применений, сильных и слабых сторон.
•Интерес к развитию навыков визуализации данных, статистического анализа или методов машинного обучения для поддержки анализа и интерпретации геномных данных.
Преимущества
•Компенсация расходов на поездки
•Бонусы
•Повышенная оплата отпускных
•Пенсионное обеспечение
•Страхование жизни
•Защита дохода
•Частное медицинское страхование
•План выплат при госпитализации
•Терапевтические услуги
•Perk Box
•Программа электромобилей
Совместная работа – что это включает
•Вы должны иметь право на постоянную работу в Великобритании с готовностью к необходимым командировкам. В некоторых случаях мы можем рассмотреть спонсорство, которое будет оцениваться индивидуально.
•Вы должны проживать в Оксфорде или в пределах удобной досягаемости для ежедневных поездок (или быть готовым к переезду).
•Это гибридная роль с обязательным присутствием на рабочем месте минимум 3 дня в неделю.
